财政部称，被查的农信社和城商行内控制度执行不力比较普遍，会计核算不实的问题仍较突出，其管理水平与国有商业银行相比还存在较大的差距。具体而言，被点名金融机构普遍存在违规放贷、薪酬发放违规、收支核算不实、人为调节利润等问题，个别银行私设小金库等问题。
八成存在违规放贷
财政部此次点名的地方金融机构中，违规贷款及信贷管理薄弱应是最普遍存在的问题，涉及的城商行和农信社达八成。
以河北省农村信用社联合社为例，其问题主要是“信贷管理薄弱，部分单一客户贷款超过银行资本比例规定，贷后监管不力，部分贷款被客户挪用”。 陕西农信社、福建农信社、吉林省农信社、重庆农村商业银行、芜湖扬子农村商业银行、江苏银行，郑州银行等也不同程度存在“贷前评审不严、贷后监管不力、违规放贷突出”的问题。
值得注意的是，分别有一家农信社和城商行涉及房地产贷款违规，分别是山西省农信社和贵阳市商业银行。其中山西省农信社违规向不符合贷款条件的房地产企业或未经批准的项目贷款、贷后监管不力，贵阳市商业银行股份有限公司存在违规向自有资金不足或“四证”不全的房地产项目贷款问题。